Флаг Волоконовского сельского поселения создан на основе герба Волоконовского сельского поселения и повторяет его символику. Село Волоконовка - административный центр современного Волоконовского сельского поселения - известно с конца XVII века. Название села, предположительно, произошло от слова "волокуша" - так называли торговых людей, которые переволакивали, переплавляли грузы через реку. Эта интересная особенность названия в гербе Волоконовского сельского поселения аллегорически показана переменой цвета поля герба с серебра на лазурь и наоборот, которые словно переходят с одного берега на другой. Черная вырезанная глава символизирует принадлежность к Чернянскому району, где подобная глава изображена в гербе района и в других сельских поселениях района, создавая геральдическое единство. Крест - древнейший символ, олицетворяющий терпение, силу, снисхождение и мудрость. В гербе Волоконовского сельского поселения крест символизирует находящийся на его территории храм Живоначальной Троицы - памятник архитектуры и церковного зодчества ХІХ века. Храм имеет богатую историю и заметную роль в развитии местного образования: в конце XVIII века при нём (тогда ещё деревянной церкви) была церковно-приходская школа с трехлетним курсом обучения и хор. В середине XIX века открылась земская школа, где обучение длилось пять лет. Лазоревая и серебряная струи воды символически указывают на родоновые источники и реку Оскол, на берегу которой расположено Волоконовское сельское поселение. Окуни - не только наиболее часто встречающаяся в реке Оскол рыба, но и название села - одного из старейших в поселении. Таким образом, символика герба Волоконовского сельского поселения вписана в его исторический контекст и показывает бережное отношение населения к своему прошлому, верность традициям, сохранение преемственности многих поколений. Примененные в гербе цвета символизируют: белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; черный цвет - символ мудрости, вечности и покоя; синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. | 
