Флаг Юргинского муниципального района составлен основе герба Юргинского муниципального района и повторяет его символику. Герб Юргинского муниципального района языком символов и аллегорий показывает основные достопримечательности района. Три звезды ("роза ветров") многозначный символ: - аллегория границы трех областей: Томской, Новосибирской и Кемеровской области: - по территории района проходят три автотрассы, из них две федерального значения: Новосибирск-Иркутск, Новосибирск-Иркутск с подъездом к Томску и дорога областного значения Новосибирск - Ленинск-Кузнецк - Кемерово - Юрга. - центральную часть района с запада на восток пересекает железнодорожная магистраль Новосибирск-Красноярск, с юга примыкает железнодорожная ветка Юрга - Топки. Звезда символ надежды и путеводности, во все времена указывающая верный путь. Река Томь, вдоль левого берега которой на протяжении более 120 км расположен Юргинский район, в гербе показана геральдической фигурой - белой (серебряной) волнистой каймой вдоль верхней синей части. Муниципальное образование "Юргинский район" расположен в живописном уголке Западной Сибири, который органично сочетает в себя удивительные по своей неповторимости и красоте степной и лесостепной ландшафты с большим разнообразием растительного и животного мира, что символически вобрал в себя зеленый цвет поля герба. Девять видимых колосьев снопа - аллегория девяти сельских поселений Юргинского муниципального района. Сноп - символ единства и неразрывной связи каждого поселений Юргинского муниципального района. Сноп - символ развитого сельского хозяйства. Примененные во флаге цвета символизируют: зеленый цвет символизирует весну, здоровье, молодость; синий цвет (лазурь) - символ высшей ценности, величия, богатства; желтый цвет (золото) - символизирует богатство, справедливость, уважение, великодушие; белый цвет (серебро) - символ простоты, чистоты, совершенства, мудрости, мира и взаимного сотрудничества. | 
