Флаг разработан на основе герба ЗАТО Железногорск. Город Железногорск - закрытое административно-территориальное образование был основан в 1950 году как поселок Красноярск-26 при оборонном предприятии - комбинат № 815 (с 1961 года - Горно-химический комбинат, в настоящее время - Федеральное государственное унитарное предприятие "Горно-химический комбинат" [далее - ФГУП "ГКХ"]). ФГУП ГХК - единственное в мире производство огромного масштаба и высокой технологической сложности, размещенное в подземных выработках. Комбинат является ключевым производством в обеспечении атомной промышленности оружейным плутонием. Другими градообразующими предприятиями стали Открытое акционерное общество "Информационные спутниковые системы академика М.Ф. Решетнева", ФГУП "Управление специального строительства по территории № 9 при Спецстрое России" и Химический завод - филиал Открытого акционерного общества "Красноярский машиностроительный завод". В современном городе продолжают развиваться ядерные технологии, здесь выпускается 70% российских спутников гражданского назначения, создана мощная производственная база для промышленного и гражданского строительства. Железногорск по праву считается городом передовых достижений науки и техники. Медведь, разрывающий ядро в структурной решетке атома, символизирует соединение сил природы и человеческой мысли, и является аллегорией самого Железногорска построенного в тайге по принципу ограниченного изменения природного ландшафта. Желтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, интеллекта, уважения, энергии. Белый цвет (серебро) - символ чистоты и совершенства, мира и взаимопонимания. Красный цвет - символ мужества, силы, трудолюбия, красоты, праздника. | 
