Флаг Железногорского района составлен на основании герба Железногорского района и повторяет его символику. Железногорский район получил свое название по молодому городу Железногорску, который начал строиться в 1957 году на месте разработок Михайловского железорудного месторождения Курской магнитной аномалии (КМА). Восьмиконечная желтая (золотая) звезда (аллегория знака "Роза ветров") дополняет "магнитную" символику флага, являясь аллегорией компаса и его стрелки. Звезда - символ путеводности, во все времена указывающая людям верный путь, символ достижения мечты, возвышенных устремлений и надежды. Территория Железногорского района отличается чистотой и живописностью природы: открытая местность пересекается красивыми смешанными лесами, лугами с высокими густыми травами. Особенно привлекательны эти места весной, когда начинают зеленеть деревья и прилетевшие соловьи поют свои песни. Ветвь липы и поющий соловей в гербе отражают красоту окружающей среды. Ветвь липы символизирует весну, развитие и жизненный рост, расцвет, подъем, радость. Соловей ("курский соловей") - традиционный символ музыкальности, творчества и скромности (все его слышат, но мало кто видит). Колосья символизируют основной род деятельности жителей современного Железногорского района - сельскохозяйственное производство. Колос - символ земледелия, плодородия, трудолюбия и единства. Таким образом, во флаге Железногорского района языком геральдических символов и аллегорий гармонично отражены особенности его местности и основной вид деятельности населения. Применённые во флаге цвета дополняют его символику: красный цвет (червлень) - символ труда, жизнеутверждающей силы, мужества, праздника и красоты; синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, добродетели и свободы; желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. | 
