Флаг разработан на основе герба сельского поселения Зубовское. Сельское поселение Зубовское, расположенное на востоке Клинского района славится своей природой. Сельское поселение Зубовское расположено на территории Клинско-Дмитровской гряды. Здесь находится одна из наивысших точек района - деревня Борис-Глеб. Вероятно, название деревни произошло от имен двух русских святых благоверных князей мучеников Бориса и Глеба. Треугольник, сопровожденный по сторонам двумя княжескими шапками, аллегорически указывает на это место. На территории поселения расположено большое количество источников, протекает река Лутосня, берега которой утопают в зарослях черемухи. Весной не смолкают трели соловьев. Голубой цвет полотнища флага и ветвь черемухи отражают местные красоты. Желтый рожок в верхней части флага символизирует неразрывную историческую связь Зубовского поселения с Клинским районом: почтовый рожок - элемент герба Клинского муниципального района. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, ясности, открытости. Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая. Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, жизненный рост. Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности и возвышенных устремлений. Черный цвет - символ мудрости, скромности, плодородия, вечности бытия. | 
