Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает природные, экономические и культурные особенности Айдаровского сельского поселения. Первые населенные пункты современного муниципального образования появились несколько столетий назад - села Айдарово, Чертовицы, Староживотинное появились в конце XVI - начале XVII веков. Плодородные почвы стали основой не только успешного ведения сельского хозяйства, но и возникновения здесь научных центров. В 1959 году был образован Всесоюзный (в настоящее время Всероссийский) научно-исследовательский институт сахарной свеклы и сахара - один из крупнейших в стране, а в 1966 году создано еще одно научное учреждение ВНИИЗР - научно-исследовательский институт защиты растений. Тесная связь науки и сельского хозяйства, ориентированного на выращивание и переработку сахарной свеклы, отражена на флаге книгой и вырастающей из нее свеклы. Книга - традиционны символ мудрости, сохранения и преумножения знания. Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, интеллекта, уважения. Белый цвет (серебро) - символ чистоты совершенства, мира и взаимопонимания. Красный цвет - символ труда, праздника, красоты, энергии. Символика голубой полосы многозначна: - голубой цвет - цвет бескрайнего неба - полоса с серебряным летом символизирует аэропорт Чертовицкое, являясь аллегорией взлетной полосы. - голубая полоса, как символ водных просторов указывает на реку Воронеж, протекающую по территории сельского поселения. | 
