Флаг Чарковского сельсовета создан на основе герба Чарковского сельсовета и повторяет его символику. В гербе Чарковского сельсовета простым языком символов и аллегорий отражены его историко-культурные, археологические и природные особенности. Во все фигуры герба заложена многозначная символика. Чарковский сельсовет – сельское поселение в Усть-Абаканском районе Хакасии. Административный центр – аал Чарков, расположенное у входа реки Уйбат в степную часть Минусинской котловины. Аал берет свое начало с далекого 1703 года, когда три брата (Панок, Ле, Илья) Чарковы искали для своего рода место для расположения. История Чарковского сельсовета глубока и многогранна, ее следы отчетливо видны на древней земле, которые представлены для людей как достопримечательности, это Камень Мессершмидта, памятный знак – Стелла Мессершмидта, родовое коллективное захоронение Чаа тас и аал Чарков. Кун тас – Солнцеликий камень, находится в окрестностях аала Чарков. Множество археологических памятников Чарковского сельсовета изображенные в гербе в виде четырех золотых каменных стел, наклонно стоящих на зеленой земле, символизируя, неразрывную многовековую связь истории из глубины веков до настоящего времени. Камень – символ непоколебимости, упорства, твердости и вечности. Солнце – источник тепла, мира и согласия; расположенное в верхней части герба, солнце аллегорически «изливает на людей свою благодать, поток жизнетворческих сил». Волнообразно разделенная белым и синим цветами полоса вдоль верхнего края полотнища флага Чарковского сельсовета перекликается с цветами герба и флага Усть-Абаканского района. Подобная глава изображена в гербах всех сельсоветов Усть-Абаканского района, тем самым создавая геральдическое единство Усть-Абаканского района. Красный (червленый) цвет поля герба – символ мужества, самоотверженности, красоты, справедливой борьбы и жизни. Зеленая часть флага символизирует природу Чарковского сельсовета, его сельскохозяйственный уклад, а также это символ надежды, благополучия и здоровья. Таким образом, флаг Чарковского сельсовета языком символов и аллегорий показывает связь поколений и бережное отношение местных жителей к своему прошлому, настоящему и устремление в будущее. Примененные во флаге цвета (металлы) дополняют символику: желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, богатства, величия, постоянства, прочности, силы, великодушия, интеллекта и солнечного света; белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; синий (лазоревый) цвет – символ чистого неба; красный (червленый) цвет – символ жизненной силы, огня, труда, мужества и стойкости; зеленый цвет – символизирует весну, здоровье, природу, экологию молодость, радость и надежду. | 
