Ельцовский район расположен на востоке Алтайского края, его жители первыми в крае встречают начало нового дня, что на флаге района отражено возникающим солнцем. Район богат природными ресурсами, в том числе мрамором (Пуштумилский мраморный карьер). Мраморная ваза - символическое отражение применения природных богатств района. Красный (червлёный) столб - символ многочисленных автомобильных трасс связывающих район с поселками и городами Алтайского края и Кемеровской области. Зелёно-голубая лента - символ многочисленных таёжных рек протекающих по территории района, в том числе Чумыш, Ельцовка, Маховка, Бобровка, Шалап, Неня. Цветовое решение полотнища и его фигур дополняют символику флага: - белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; - красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника; - жёлтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; - синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения; - зелёный цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду. | 
