Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает природные и экономические особенности района. Плодородные почвы обеспечили развитие сельского хозяйства, которое быстро стало одной из основ экономики района. На флаге это отражено желтым снопом, перевязанным красной лентой. Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта. Красный цвет - символ мужества, силы, трудолюбия, красоты и праздника. На территории Яшкинского района находятся уникальные по физико-химическому составу месторождения глин и известняков, которые стали залогом становления здесь известково-кирпичного дела. Построенный здесь цементный завод в период развития Советского государства внес неоценимый вклад в развитие производительных сил Западной Сибири, о чем на флаге символизируют положенная в основание пирамида из брусков-кирпичей. Район расположен в подтаёжной зоне (что символизируется зеленым цветом) -леса полные зверей, ягод и грибов являются одним из главных богатств района. Здесь располагаются уникальные кедровые боры, известные далеко за пределами района, отраженные на флаге золотыми кедровыми ветвями с шишками. Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, надежду. | 
