Флаг Клетского муниципального района составлен на основании герба Клетского муниципального района и повторяет его символику, языком символов и аллегорий отражая исторические и природные особенности района. Первые упоминания о возникновении поселений вольных донских казаков на территории Клетского района относятся к ХVII веку. В 1614 году упоминается Клетский городок, положивший начало станице Клетской. Первоначально она находилась на правой стороне реки Дон в луговой местности, в полверсте от его русла. По преданию, станица Клетской названа потому, что во время весеннего половодья жители для сохранения своего имущества выстраивали из леса высокие "клетки", делали для них помосты и во время разлива хранили свое имущество. Данное предание о происхождении названия центра района легло в основу герба самого Клетского района: в клеть1 помещен, как символ самого ценного имущества, хлебный сноп. Сноп - символ сельского хозяйства Клетского района (хлеб всему голова). Число колосьев десять - соответствует числу сельских поселений, входящих в Клетский район. Пики - один из символов донских казаков. Синий (лазоревый) цвет аллегорически отражает расположение Клетского района на берегах Дона. Символика цветов и металла в гербе дополняет его трактовку. Желтый цвет (золото) - символ богатства, урожая, стабильности, интеллекта и уважения). Белый цвет (серебро) - символ чистоты, невинности, открытости, божественной мудрости, примирения и добро. Синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, красоты, мягкости и величия. | 
