За основу флага взят герб города, созданный на с учётом герба города Калининграда (переименован в г. Королёв в 1996 г.), утверждённый 10 июня 1988 г. 5-й сессией 20 созыва Калининградского городского Совета народных депутатов. На флаге языком символов и аллегорий отражено развитие города, связанное со становлением космической промышленности, робототехники, электронного приборостроения. Королёв - один из крупнейших научно-производственных центров Московской области. Развитие комплекса началось в 1950-х годах и впоследствии объединило ряд предприятий города и Центр управления полётами. Здесь трудился выдающийся учёный и конструктор, академик С.П. Королёв, именем которого и назван город; а также такие известные учёные как А.М. Исаев, М.К. Янгель, В.П. Глушко. Здесь был разработан и создан целый ряд уникальных космических аппаратов, включая первый искусственный спутник Земли (ИСЗ). В Королёве проводятся исключительные научно-технические исследования и разработки в области освоения космоса, ставшие залогом широкой известности города, как в России, так и за рубежом. Земной шар, окружённый звёздами и изображением орбиты космического корабля - символ выдающихся достижений жителей города в космическом машиностроении. Щестерня, изображённая геральдической фигурой - стенозубчато изломанной замкнутой золотой нитью, символизирует огромный научно-технический потенциал предприятий города. Аллегорическое изображение перфоленты белой полосой - символ телеметрии, электронного приборостроения, измерительной техники и ЦУП, созданного на базе этой техники. Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, уважения и интеллекта. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Голубой цвет - символ чести, достоинства, возвышенных устремлений; в гербе города также символизирует небо и космическое пространство. Красный цвет - символ труда, силы, мужества, красоты; подчёркивает особые заслуги рабочих, инженеров, служащих и учёных в развитии многочисленных государственных космических программ. | 
