Флаг Коротоякского сельского поселения составлен на основании герба и языком символов и аллегорий отражает исторические, природные и экономические особенности Коротоякского сельского поселения. В основе флага - символика исторического герба, пожалованного уездному городу Коротояку императрицей Екатериной Великой 21 сентября 1781 года, подлинное описание которого гласит: "Въ голубомъ полh, поставленная житница, надъ ней рогъ изобилiя. (Старый гербъ)". Город был основан в 1647 году как крепость на Белгородской засечной черте. Название крепости происходит от впадающей в том месте в Дон реки Коротояк. Житница и золотой рог изобилия символизируют богатство, урожай и высокое плодородие коротоякских земель и отражают основной профиль занятости населения. В то же время житница на реке может ассоциироваться как с первой сторожевой заставой на Дону, так и со строительством Коротоякской крепости. Розы - символ завершенности, полноты, совершенства и любви. Река Дон показана голубым полем флага. Желтый цвет (золото) символизирует прочность, величие, богатство, интеллект, великодушие. Красный цвет символизирует жизнеутверждающую силу, мужество, праздник, красоту и труд. Синий (голубой) цвет - символ возвышенных устремлений, мышления, искренности и добродетели. | 
