Флаг Костёнского сельского поселения создан на основе герба Костёнского сельского поселения и повторяет его символику, языком геральдических символов и аллегорий лаконично отражены его исторические, географические, природные, археологические и социально-экономические особенности. Во все фигуры флага заложена многозначная символика. Костёнское сельское поселение расположено в 31 километрах от города Воронежа на правом берегу реки Дон. В 1642 году основано как крепость со статусом города. Многочисленные мамонтовые кости, обнаруженные здесь на месте стоянки первобытного человека периода позднего (или верхнего) палеолита (40-35 тысяч лет до наших дней), дали название возникшему и построенному городу Костенску, с тех пор называемому образно как «жемчужина русского палеолита». В 1779 году Костенск утратил статус города и стал селом Костёнки. Костёнки являются центром одноименного сельского поселения, в которое входят ещё два хутора: Должёнки и Россошка. Состав поселения аллегорично показан тремя цветами поля флага: лазоревым (синим), зеленым и серебром (белым). Синий цвет (лазоревый) – символ простора и ясного неба. Зеленый цвет символизирует природу Костёнского сельского поселения, его сельскохозяйственный уклад, а также это символ надежды, благополучия и здоровья. Скошенное деление поля отсылает к холмистому рельефу окрестностей, а перемена цвета с лазури на зеленый – аллегорически указывает на единство трудов человека и природных богатств. Серебряная волнисто-выщербленная полоса флага, символизирует реку Дон, на берегах которой расположено Костёнское сельское поселение. Мамонт – животное, символизирующее древность, мощь, достоинство, аллегорически показывает готовность идти вперед, преодолевать трудности и препятствия. Символика дубовой ветви многозначна: – символ долговечности, силы, защиты; – символ твердости духом и несгибаемости, бессмертия; – символ славы, почета; – вместе с тем, дубовые листья перекликаются с дубовыми листьями в гербе Хохольского района, показывая неразрывную связь Костёнского сельского поселения с Хохольским районом. Примененные во флаге металлы и цвета дополняют символику: Зеленый цвет символизирует весну и молодость. Синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая. Белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. | 
