Флаг разработан на основании герба муниципального образования "Красноселькупский район". В основу герба района положены его природные богатства, пушной промысел и рыболовство местного коренного населения, о чем говорят фигуры ели, медведя, соболя и рыбы. Звери, развернутые в разные стороны символически отражают то, что Красноселькупский район находится на старинной земле Мангазее, являющейся центром России (то есть, стоят в центре и смотрят вокруг себя). Геральдическая много стропильная фигура отображает фрагмент селькупского орнамента, показывая место расположения в Ямало-Ненецком автономном округе. Красный цвет поля - символ красоты и мужества, а так же говорит о названии района. Серебряный цвет в гербе говорит о бескрайних северных просторах. Серебро в геральдике - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира и взаимного сотрудничества. Богатства недр земли - месторождения природного газа, символически отображены пламенем. Пламя так же символ очага и дома. Золото - символ прочности, силы, великодушия, богатства и солнечного рассвета. Зеленая ель символизирует богатую природу района, его леса. Зеленый цвет также символ надежды, благополучия и здоровья. Голубая цвет и рыба показывают то, что район расположен на берегах северных рек, богатых рыбой. Голубой цвет символ искренности, чести, славы, преданности, истины и добродетели; символ неба, высоты и глубины. В гербе Красноселькупского района языком геральдических символов и аллегорий гармонично отражены его природные особенности и богатства, основной профиль деятельности местного населения и национальный колорит. | 
