Флаг Магистрального сельского поселения составлен основе герба Магистрального сельского поселения и повторяет его символику. Во флаге Магистрального сельского поселения учтены имеющиеся в поселении символы, которые включены во флаг и составили две его части: основное поля флага и полосу вверху флага (геральдическую фигуру - главу). В верхней части изображены три звезды, которые символизируют три населенных пункта, составляющих Магистральное сельское поселение: поселок Магистральный, село Ребровка и деревня Зеленое Поле. Звезда - символ путеводности, целеустремленности в достижении мечты. Черная, тонко окаймленная белым цветом (серебром), изогнутая перевязь в зеленом поле, бесконечной лентой уходящая за края поля герба, аллегорически символизирует федеральную автомобильную дорогу Р-254 "Иртыш" (Челябинск - Курган - Омск - Новосибирск). В данном случае, проходящая по территории Магистрального сельского поселения, автомобильная дорога - магистраль гласно отражает название поселения. Дорога не только удобство для сокращения расстояний, но и символ движения, преодоления, прогресса, новых впечатлений и встреч. Жизнь человека часто сравнивается с дорогой, которую должен пройти каждый. Таким образом, во флаге Магистрального сельского поселения языком геральдических символов и аллегорий лаконично отражены его состав и образно показано его название. Примененные во флаге цвета дополняют его символику: синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения; зеленый цвет - символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду; желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости и примирения; черный цвет - символ плодородия, мудрости, скромности. | 
