Флаг Макушинского района создан на основе герба Макушинского района и повторяет его символику. В основу композиции флага положены географические и богатые природные особенности Макушинского муниципального района. Волнистое деление флага на зеленый и синий (лазоревый) цвета аллегорически показывает основную отрасль экономики района - сельскохозяйственное производство (выращивание хлеба, производство мясо, и переработку рыбы), а также многочисленные озера богатые рыбой, где основной торговой маркой района является карась. Зеленые и синие (лазоревые) части флага тонко разделены белым цветом (серебром), образующим геральдическую фигуру - волнистый двойной крест. Плечи креста символизирует две основные магистрали, проходящие по Макушинскому району: с востока на запад -автомобильную и железнодорожную, и пересекаемые с севера на юг автодорогой Казаркино-Сетовное, проходящей через районный центр город Макушино. Каравай, как хлеб - символ богатого урожая и достатка, символ красоты конечного результата труда сельчан. Каравай с солонкой - традиционный символ гостеприимства и доброжелательности. Примененные цвета дополняют символику флага: лазурь (синий цвет) - символ постоянства и возрождения. золото (желтый цвет) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая. серебро (белый цвет)- символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. | 
