Флаг Малиновского сельского поселения создан на основе герба Малиновского сельского поселения и повторяет его символику. Современный поселок Малиновка - административный центр Малиновского сельского поселения - основан в 1961 году как поселок Комсомольского отделения совхоза "Дмитротарановский". У этого населенного пункта трудовая история, а о происхождении необычного названия Малиновка существует народное предание: неподалеку от железнодорожной станции "Наумовка" было построено несколько домов для рабочих; вместе с плотниками на стройке работали женщины, одна из которых однажды сказала: "Вот построим жилье, приедут рабочие - здесь будет не жизнь, а малина!" Так и прозвали в народе село Малиновка, а в 1968 году Указом Президиума Верховного Совета РСФСР поселок Комсомольского отделения совхоза "Дмитротарановский" был официально переименован в поселок Малиновка. Символика флага Малиновского сельского поселения многозначна: - малиновка - символ отваги, постоянства, оберега. Эти маленькие птицы, по народным поверьям, могут всю жизнь (до пяти лет) удерживать за собой и охранять свою территорию. Считается, что поселившаяся рядом с домом малиновка приносит счастье, охраняет жилище от пожаров, ударов молний и прочих бед; - пять ягод малины на ветви символизируют пять населенных пунктов, образующих современное Малиновское сельское поселение: поселок Малиновку, села Отрадное, Петровку, Толоконное и хутор Крестовое; - при помощи символов и аллегорий флаг Малиновского сельского поселения становится гласным, трехкратно подчеркивая название сельского поселения: птицей малиновкой, ягодами малины и малиновым полем; - белая оконечность аллегорически показывает стремление Малиновского сельского поселения к обеспечению экологически благоприятной среды для проживания населения, улучшению содержания сельской территории. Черный и зеленый цвета полосы, расположенной вдоль древка флага Малиновского сельского поселения, перекликаются с цветами герба и флага Белгородского района, что символизирует принадлежность Малиновского сельского поселения к Белгородскому району. Четырехлучевая звезда на середине черно-зеленой полосы символически показывает Малиновского сельское поселение как одно из муниципальных образований Белгородского района (подобная звезда присутствует на полковом знамени Белгородского пехотного полка, составленного во времена Петра I в 1712 году). Звезда символизирует надежду, целеустремленность в достижении мечты, путеводность, во все времена указывая людям верный путь. Такая полоса со звездой, расположенная вдоль древка флага Малиновского сельского поселения, изображена во флагах всех городских и сельских поселений Белгородского района, тем самым создавая их геральдическое единство. Примененные во флаге цвета дополняют его символику: малиновый цвет (пурпур) - символ власти, славы, почёта, благородства происхождения, величия; зеленый цвет символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду; черный цвет - символ мудрости, вечности и покоя; белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, достатка, стабильности, интеллекта. | 
