Флаг городского поселения - город Новохоперск отражает название города и разработан на основе герба городского поселения - город Новохоперск. Исторический герб города Новохопёрска был пожалован императрицей Екатериной Великой 16 августа 1781 г.; подлинное описание исторического герба гласит: "...река въ зеленом поле, на которой написано "Новый Хопреъ", означающая имя сего города". Город расположен на высоком правом берегу реки Хопёр (приток Дона), в 270 км от Воронежа. Река Хопер - одна из красивейших и чистых рек Европы. Вдоль этой удивительной и хрустально чистой реки расположена территория заповедника. Река Хопер показана в гербе серебряной перевязью, что отражает уникальные качества ее воды. В 1710 году на месте Пристанского казачьего городка по указу Петра I была заложена Хоперская земляная крепость (названная затем Новой Хоперской), сооружение которой завершилось в 1716 году. По воле Петра I здесь заложили и спустили на воду 6 боевых судов первой в России Азовской военной флотилии. Всероссийское значение город приобрел в 1768-1777 гг., когда здесь, на корабельной верфи строились корабли, составившие основу первого Черноморского флота. В эти годы здесь бывал адмирал Алексей Наумович Сенявин. Всего на Новохоперской верфи было построено около 30 судов, которые по рекам Хопер, Воронеж и Дон попадали в Азовское море. Изображение реки Хопер на флаге напоминает нам и об этих исторических событиях. Белый цвет - символ чистоты родниковой воды, искренности, совершенства, мира и взаимопонимания. Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста. | 
