Флаг Нукутского района составлен на основании герба Нукутского района и повторяет его символику, языком символов и аллегорий отражает его природные, географические и национальные особенности. Символика орла многозначна: - являясь символом скорости, стремления к новым вершинам, достижения целей, орел показывает Нукутский район как сравнительно молодой (датой его образования считается 1 апреля 1972 года), но перспективный и быстроразвивающийся; - орел - символ разнообразия и богатства животного мира Нукутского района; -орел символизирует сохранение традиций, преемственность поколений, бережное отношение местных жителей к культуре коренного бурятского населения района с богатым духовным развитием, подарившим великих сказителей. Три золотые фигуры - луны, солнца и огня - образуют традиционный бурятский символ соёмбо (от санскр. swayambhu - "самозародившийся). Пламя (огонь) символизирует не только тепло и жизнь, но также считается символом хранителя домашнего очага и благополучия. Три язычка пламени олицетворяют процветание в трёх временах: прошлом, настоящем и будущем. Солнце - древнейший тотем, символ источника жизни, света, силы, богатства и изобилия. Луна (месяц) - символ циклических процессов, возрождения и плодородия. Основное поле флага лазоревое (синее) символизирует реку Унгу, силу и мощь реки Ангары и Братского водохранилища. Полосы вдоль нижнего края флага и их цвета символизируют богатые природные недра Нукутского района как фундамент благополучия и экономического процветания: - белый цвет (серебро) как аллегория месторождения гипса; - черный цвет как символ месторождения каменного угля; - зеленый цвет символизирует сельское хозяйство как отрасль экономики Нукутского района, а также пастбища, используемые для выпаса скота; - фонтан белого цвета (серебряный), как бы бьющий из земли, символизируют целебные источники, находящиеся на территории Нукутского района. Примененные во флаге цвета и металлы дополняют его символику: синий цвет (лазурь) - символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений; черный цвет - символ плодородия, мудрости, скромности, вечности бытия; зеленый цвет символизирует весну и природу, здоровье, молодость и надежду; желтый цвет (золото) символизирует богатство бурятской земли, солнечный свет, высшую ценность, величие; белый цвет (серебро) -священный для бурятов, божественный цвет молока, используемый для обрядов очищения и исцеления, символ открытости, божественной мудрости, примирения. | 
