Флаг Пий-Хемского кожууна составлен на основании герба Пий-Хемского кожууна и повторяет его символику. Название Пий-Хемского кожууна (по-тувински - Бий-Хем кожуун) происходит от тувинского названия реки Большой Енисей и переводится как "большая река". Большой Енисей, правый исток Енисея, протекающий по территории Пий-Хемского кожууна, символически показан синей оконечностью с бегущими волнами. Направление волн символизирует направление течения могучей реки Большой Енисей с востока на запад. Волны показаны в виде узора "чалгыг хээ" (течение реки) - такие узоры используются в национальной тувинской одежде. Марал символизирует мараловодческое хозяйство Пий-Хемского кожууна, являющееся на сегодняшний день единственным в Тыве. Каждый отросток на рогах марала символизирует одно из восьми муниципальных образований Пий-Хемского кожууна: город Туран (административный центр кожууна) и семь сумонов: Аржаанский, Севинский, Сесерлигский, Сушский, Тарлагский, Уюкский и Хадынский. Разведение маралов в Тыве в домашних условиях началось с появлением здесь русских переселенцев. У жителей Турана в 1895 году из двенадцати домохозяйств шесть занимались мараловодством. В 1910 году в маральниках жителей Турана, Уюка и Сейбы насчитывалось около 200 голов маралов. К 1915 году поголовье маралов достигло в Турано-Уюкском районе 744. В советское и постсоветское время существовал пантовый промысел. В 1970 году постановлением Совета Министров Тувинской АССР открыта маралоферма Госпромхоза "Туран". В 1997 году ферма преобразована в унитарное муниципальное предприятие мараловодческое хозяйство "Туран", которое в 2001 году преобразовано в ГУП маралхоз "Туран". Мараловодческое хозяйство "Туран", которому Минсельхозом России присвоен статус генофондного хозяйства по разведению маралов, процветает и набирает свои обороты. Стремительно скачущий марал - символ одухотворенности, грациозности - аллегорически показывает Пий-Хемский кожуун как динамично развивающийся и устремленный в будущее. Примененные во флаге цвета дополняют его символику: синий цвет (лазурь) - символ чистого неба, возвышенных устремлений, взаимоуважения и согласия в обществе; зеленый цвет символизирует необъятные просторы тайги, а также символ роста, надежды, молодости; белый цвет (серебро) - символ благородства, божественной мудрости, примирения, цвет молока, почитаемого тувинцами; жёлтый цвет (золото) - символ скифского золота (на территории Пий-Хемского кожууна находится всемирно известные скифские курганы "Аржаан-1" и "Аржаан-2"), а также символ солнца как источника жизни, изобилия и искренности, высшей ценности, величия и богатства. | 
