Флаг Городского округа «Город Северобайкальск» создан на основе герба Городского округа «Город Северобайкальск» и повторяет его символику. Северобайкальск появился на карте страны благодаря БАМовской стройке – результату труда тысяч людей и десятков организаций. Их общий вклад определил не только рождение города, но и его особую идентичность: города первостроителей, труда и стойкости на берегу Байкала. В 1970-х годах образован как рабочий посёлок Северобайкальск по расположению на северной оконечности Байкала. С 1980 года – город с тем же названием. Проект будущего города на Байкале разрабатывался в Ленинградском государственном институте проектирования городов «ЛЕНГИПРОГОР» в 1975 году. Волнистая синяя (лазоревая) часть оконечности символически показывает озеро Байкал, отраженному в названии города. Зеленая часть оконечности символически показывает расположение города среди таежных просторов. Серебряный (белый) цвет поля герба, как цвет снега и льда, аллегорический связывает северное название с байкальским. Символика красного (червленого) острия, как одной из основной фигуры в гербе, многозначна: – это символ гор, окружающих город; – это символ Байкало-Амурской магистрали, проложенной сквозь эти горы (раздвоенное остриё); – это символ первых поселенцев-комсомольцев – палатки, с которой началось освоение тайги на месте будущего города; – это символ, связанный с архитектурным оформления городского железнодорожного вокзала; – это символ магнитной стрелки компаса, связанной с «северной» частью названия города; – это символ корабельных парусов, показывая береговое расположение города; – это символ алых парусов, как символ мечты и достижения цели; – это символ развития города, его устремление в будущее. Примененные во флаге цвета и металлы дополняют значение символики: – белый цвет (серебро) – символ чистоты, честности и открытости, благородства, мира, сотрудничества; – синий (лазоревый) цвет – символ красоты, безупречности, возвышенных устремлений, добродетели; – красный (червленый) цвет поля – символ тепла, силы, мужества, труда и красоты, подчеркивает молодость и красоту города; – зеленый цвет – символ природы, молодости, весны, здоровья и надежды. Таким образом, герб языком знаков и символов отражает исторические, природно-географические и экономические особенности города Северобайкальска. | 
