Флаг сельского поселения «Щельяюр» создан на основе герба сельского поселения «Щельяюр» и повторяет его символику, История поселка Щельяюр ведет отсчет с 1753 года. Расположен поселок на левом холмистом берегу реки Печоры вдоль Щельяюрского затона. Щельяюр по правку называют поселком речников и колыбелью речного флота Печоры. В июне 1920 года здесь был организована Щельяюрская ремонтно-эксплуатационная база (РЭБ), входившая в систему Печорского речного пароходства. Здесь строили и ремонтировали: Щельяюрская РЭБ ежегодно в зимний период обслуживала и производила ремонт около ста различных судов. Каждую весну, сопровождаемые гудками, белоснежные теплоходы и баржи, пахнущие краской, пройдя ремонт двигателей и обслуживание судового оборудования, выходили из затона в навигацию по широким водам Печоры. В поселке Щельяюр также готовили различных специалистов судоремонтников не только для нужд Щельяюрского РЭБ, так и для других судостроительных и судоремонтных предприятий страны. Здесь же велась тщательная подготовка экипажей плавсостава: матросы, мотористы, механики, штурманы и капитаны обслуживали и водили судна по Печоре. Добрая память о Щельяюрской РЭБ, отметившей в 2020 году 100-летие, никогда не померкнет. К этому событию был выпущен памятный значок, который стал основой герба и флага сельского поселения «Щельяюр» – речной якорь и судовой штурвал просто и емко отражают главную особенность поселка речников. Якорь – символ стабильности, уверенности и безопасности. Речной якорь символизирует то, что на Щельяюрской РЭБ строили и обслуживали речные судна. Штурвал – символ правильности выбранного пути, грамотного применения знаний, управления и навигации. Лазоревый (синий) цвет – символ Щельяюрского затона реки Печоры. Зеленый цвета полосы вдоль древка флага сельского поселения «Щельяюр» перекликается с цветом герба и флага муниципального района «Ижемский», а желтая (золотая) полоса, выложенная из десяти элементов национального узора, указывает на количество сельских поселений, составляющих муниципальный район «Ижемский». В тоже время, неровные края желтой полосы аллегорически символизируют расположение всех населенных пунктов муниципального района «Ижемский» на берегах рек Печоры и Ижмы. Выложенная из элементов национального узора, полоса подчеркивает самобытность коренного местного населения, его этнос. Такие две полосы, с десятью элементами национального узора, символизирует принадлежность сельского поселения «Щельяюр» к муниципальному району «Ижемский» и изображена во флагах всех сельских поселений муниципального района «Ижемский», тем самым создавая их геральдическое единство. Примененные во флаге цвета и металлы дополняют его символику: – золото (желтый цвет) – символ высшей ценности, богатства, величия, постоянства, прочности, силы, великодушия, интеллекта и солнечного света; серебро (белый цвет) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. – лазурь (синий цвет)– символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения; – зеленый цвет символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду; | 
