Флаг Шелаболихинского района составлен на основании герба Шелаболихинского района и повторяет его символику, языком геральдических символов и аллегорий лаконично отражены природные богатства и основной вид деятельности местного населения. Во все фигуры флага заложена многозначная символика. Шелаболихинский район расположен на севере Алтайского края. Административный центр — село Шелаболиха, расположено в устье речки Шелаболиха впадающей в Обь. Необычна и многолика история Шелаболихинского района. По одной из распространенных версий, название центра района – села Шелаболиха происходит от имени почитаемого духа медведя Шелаба, культ которого был распространен в древности среди местного населения. Символика медведя многозначна: – медведь – символизирует смелость, силу, находчивость, умение выживать в трудных природных условиях; – аллегорически показывает местных жителей как тружеников, которые вносят свой вклад в развитие сельскохозяйственных предприятий Шелаболихинского района; – символ бережного отношения местных жителей к природе, их стремления сохранить и приумножить животный и растительный мир. Сельское хозяйство стало основой экономики современного муниципального образования – больше половины территории района составляют сельскохозяйственные угодья. Кувшин (крынка) – традиционная русская глиняная посуда для молока, символизирует молочное направление сельского хозяйства, на котором специализируется группа компаний «Киприно». Сегодня компания «Киприно» является одним из ведущих производителей сыров и сливочного масла в России. Накопленный опыт и традиции производства, бережно хранятся и передаются мастерами из поколения в поколение. Полная крынка, из которой щедро льется молоко, сливающаяся с белым (серебряным) потоком, символизирует молочные реки символ изобилия, достатка и щедрости. Волнистая голубая (лазоревая) часть флага дополняет символику и аллегорически показывает, что на территории Шелаболихинского района протекают реки: Обь, Крутишка, Кучук, Шелаболиха; имеются озёра: Митино, Титово, Кишкино. Таким образом, флаг Шелаболихинского района не только отражает его природу и основной вид деятельности местного населения, но также символизирует его историю, показывает связь поколений и бережное отношение местных жителей к своему прошлому. Применённые во флаге цвета и металлы символизируют: желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; синий цвет (лазоревый) – символ чистого неба и водных богатствах района; красный цвет (червленый) – символ храбрости, мужества, неустрашимости, труда, красоты и праздника. | 
