Флаг Тес-Хемского кожууна составлен на основании герба Тес-Хемского кожууна и повторяет его символику. Тес-Хемский кожуун издавна славится своими скакунами, которые часто побеждали на тувинских конных скачках. Выделяется исторический скакун "Эзир-Кара", который выигрывал все конные скачки. Стремительно скачущий черный скакун олицетворяет целеустремленность и жизненную силу человека. Орел, парящий над скакуном, символизирует свободу человека. Желтый круг (геральдическая фигура - золотой безант) символизирует солнце, как источник жизни, энергии и дальнейшего процветания кожууна. Также желтый цвет символизирует веру тувинского народа. Красная (червленая) часть флага символизирует Убсунурскую котловину. Государственный природный заповедник "Убсунурская котловина" создан 24 января 1993 года. В 1997 году заповеднику был присвоен статус биосферного, а с 2003 года "Убсунурская котловина" является объектом Всемирного наследия ЮНЕСКО. По территории Тес-Хемского кожууна проходит важный природный рубеж - водораздел "хребет планеты", проходящий по горной системе Танну-Ола (по-тувински Танды-Уула): воды рек, которые протекают в северном направлении, принадлежат бассейну реки Енисей и, в конечном итоге, впадают в Северный Ледовитый океан, а южные реки принадлежат бассейну реки Тес-Хем и их воды впадают в бессточное озеро Убсу-Нур. В свою очередь озеро Убсу-Нур является частью планетарной системы бессточных озер Азии, которая в пределах данной местности называется "Большие Озера Монголии". Намного южнее этой системы реки имеют южное направление и их воды впадают в Тихий и Индийский океаны. Синие (лазоревые) части флага, разделенные красным клином, аллегорически показывают этот водораздел. Примененные во флаге цвета дополняют его символику: синий цвет (лазурь) - символ чистого неба, возвышенных устремлений, взаимоуважения и согласия в обществе; черный цвет - символ мудрости, скромности, вечности бытия, природных богатств земли; красный цвет (червлень) - символ красоты, праздника, труда и мужества; жёлтый цвет (золото) - символ солнца как источника жизни, изобилия и искренности, высшей ценности, величия и богатства. | 
