Флаг муниципального образования город Юрьев-Польский создан на основе герба муниципального образования город Юрьев-Польский и повторяет его символику. Город Юрьев-Польский имеет древнюю и богатую историю. Необычное составное имя города говорит о его основателе и местоположении. Город был назван в честь князя Юрия Долгорукого, о чем свидетельствует Никоновская летопись записью под 1152 годом: "Великий князь Юрий Суждальский мнози церкви созда и в свое имя град Юрьев заложи, нарицаемый Польский". Города на Руси обычно ставились на высоком крутом берегу при слиянии двух рек. Поэтому основанный на равнине (в поле), хотя и при слиянии рек Колокши и Гзы, город Юрьев получил приставку Польский, чтобы отличать его от другого города Юрьева (ныне - Тарту), основанного еще Ярославом Мудрым и названного в его честь (при крещении Ярослав Владимирович получил имя Юрий). За основу флага муниципального образования город Юрьев-Польский взят исторический герб уездного города Юрьев-Польский Владимирского наместничества, Высочайше утвержденный 16-го августа 1781 года, подлинное описание которого гласит: "В верхней части герб Владимирский; в нижней части в серебряном поле натурального цвета два кузовка, наполненные вишнями, чем сей город изобилует". Применение фигур исторического герба - кузовков, наполненных вишней, символизирует богатую историю города, бережное отношение местных жителей к своему прошлому и традициям. Вишня - символ жизни, достатка, красоты и плодородия, которыми с незапамятных времен славилась Юрьевская земля. Полные кузовки символизируют изобилие, достижение поставленных целей и вознаграждение за упорный труд. Примененные во флаге цвета символизируют: красный цвет (червлень) - символ мужества, силы, трудолюбия, красоты и праздника; зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста; белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания; желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта. | 
