Флаг Прилепенского сельского поселения создан на основе герба Прилепенского сельского поселения и повторяет его символику. В состав Прилепенского сельского поселения входят четыре населенных пункта: сёла Прилепы, Ковылино, Верхнее Кузькино (Кузькин Верх) и хутор Водяное. История многих из них уходит корнями в глубь веков: деревня (ныне село) Ковылино основана до 1615 года, деревня (ныне село) Прилепы - между 1615 и 1627 годами, а основание деревни (ныне села) Кузькин Верх относится к 1647 году. Православная традиция на территории Прилепенского сельского поселения ведется с давних времен. В 1867 году на средства прихожан была построена Казанская церковь, при которой работала церковно-приходская школа. Однако во время коллективизации храм закрыли. С 2016 года в селе Прилепы действует Казачий Храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы, в котором находятся более 20 частиц мощей святых. Кроме того, в храме хранится частица Мамврийского дуба - дерева, под которым, согласно Библии, Авраам принимал Бога. Синяя церковная главка символизирует церковь Покрова Пресвятой Богородицы. Традиционно в православии синий цвет (лазурь) символизирует Деву Марию. На территории Прилепенского сельского поселения развито овощеводство и растениеводство, проводится праздник капусты. Капуста в гербе сельского поселения перекликается с фигурой на эмблеме бренда Прилепенского сельского поселения "Кузькинская толока". Капуста - не только символ сельского хозяйства, но и объединения отдельных частей в единое целое, сохранения чистоты и невинности, верности традициям. В водоёмах, расположенных на территории Прилепенского сельского поселения водятся караси, карпы и многие другие виды рыб, что во флаге символизируют два сообращенных карпа. Черная вырезанная глава символизирует принадлежность Прилепенского сельского поселения к Чернянскому району, где подобная глава изображена в гербе района и других сельских поселений, тем самым создавая геральдическое единство. Черная глава символизирует также вечную память благодарных потомков героям Великой Отечественной войны, нашедшую отражение в памятнике "Скорбящей матери с воином", установленном в селе Верхнее Кузькино в 1980 году, работы скульптура Александра Григорьевича Саушкина. Примененные во флаге цвета символизируют: желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения; зеленый цвет символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду; черный цвет - символ мудрости, вечности и покоя, а также символ скорби и памяти. | 
